Eski Tunç Çağı M.Ö. 3000-2000: Afyon ilinin yerleşim tarihi M.Ö. 3000- 2000 arasındaki tarihlerde başlamıştır. Bu dönemlere ait bilgileri, bölgede bulunan çok sayıda höyükten elde etmek mümkündür. Afyon ilindeki en önemli höyük Sandıklı ilçesi Kusura kasabası höyüğüdür. Bu höyükte tunç çağı ve daha öncesine ait eserler bulunmuştur. İlimizin diğer önemli höyükleri arasında Sandıklı Hisarı, İhsaniye Karacahmet Kasabası Koçan höyüğü, Başüyük köyü höyüğü, merkez Sipsin höyüğü, Şuhut Hisarı, Bolvadin üç höyükler, Çay Maltepe ve Uyanık höyükleri sayılabilir.

Frig Dönemi (M.Ö 700-550): M.Ö 12. yy da yıkılarak Anadolu’nun değişik bölgelerine dağılan Hitit dönemi ile Frig dönemi arasında henüz özelikleri bilinmeyen bir dönem vardır. Bu dönemin hemen ardından Afyonkarahisar’da m.ö. 8. yy’da Frigler dönemi başlamıştır. Frigler Orta Anadolu’da yerleşmişlerse de Afyon toprakların da da yerleşiklerini gösteren kent ve kaya kalıntıları bulunmaktadır. İhsaniye ilçesinin Döğer ve Kayıhan Kasabası çevrelerinde bulunan eşi benzeri olmayan birer kaya üzerine yapılmış aslankaya, kapıkaya, Aslantaş,yılantaş, matlaş adıyla bilenen anıtlardır. Ayrıca Dinar Tatarlı kasabasında bulunan Tümülüs mezarda, Frig döneminin boyalı ahşap eserleri bulunmuştur.

Hellenistik Dönem (M.Ö. 330-30): Büyük İskender’in Pers egemenliğine son vermesiyle başlayan bu dönemde ilimizde Agemeia (Dinar), Synnada (Şuhut), Akronium (Afyon), Cidyerrens (Küçükhöyük), İpsas (Çay), Kanytes Pdeum ( Bolvadin) Amerium (Hisarköy), Dokimeon ( İscehisar) gibi eski önemli kentlerin kurulduğu bilinmektedir. Agemeia güney kesiminin, Synnada kuzey kesimin başşehri niteliğinde olup diğer şehirler bunlara bağlanmıştır. Şehirlerde halkın ihtiyacına karşılık verebilecek hamam, tiyatro, pazaryeri, stadyum, tapınaklar ve yönetim binaları yapılmış taş ve mermerden oluşan büyük bir yapılaşma başlamıştır. M.Ö. 301 yılında İpsas Meydan Savaşı İskender’in yerine geçmek isteyen Antigones ile diğer krallar arasında olmuştur. Ve bu savaş sonrasında ilimiz Trakya kralı Lizi Makon’a bırakılmıştır. Agemeia ve Synnada ‘da şehirleri yanında Dokimeon şehri de mermer ocaklarıyla önem kazanmış ve Makedonya’dan gelenler tarafından gelenler tarafından kurulduğu sanılmaktadır. Agemeia, Synnada, Prymnesas ve Stekterion antik kentlerinde antik kentlerinde birer tiyatro ve stadyum kalıntıları günümüze kadar koruna gelmiştir. Bunlarla birlikte şehirlerde tapınaklar, hamamlar, meydanlar, çeşmeler, mezarlıklardan da bazı kalıntılar vardır.

Bizans Dönemi (330-1453): Roma’nın batı ve doğu olarak ikiye ayrılması ve Konstantinapol’ün(İstanbul) doğunun başkenti olması sonucunda ilimizde Bizans dönemine girmiştir. Roma dönemindeki kentler yavaş yavaş da olsa önemlerini kaybetmiş, terk edilmiş olup yeni yerleşim yerleri de kurulmuştur. Agemeia, Synnada ve Amerium kentleri özelliklerini sürdürmektedirler. Özellikle Amerium kenti Konstantinapol’den sonra ikinci büyük kent durumuna kadar gelişmiştir. 7. yy’dan itibaren Arap ve Türk saldırıları sonucu bu kentlerle birlikte Akronium Kalesi de zaman içinde Türklerin eline geçmiştir. Bizans Döneminde Metropolis (Ayazin) kaya kenti ile Şuhut Bininler, Döğer, Selimiye,Alanyurt, Seydiler Bayat İnpazarcık kaya yerleşimlerinde barınaklar,kiliseler, mezar odaları, oyularak yapılmıştır.Bu yerleşimlerden başka düz arazilerde özellikle sarp kayalıklarda manastırlar ve büyük kiliseler yapmışlardır. Özellikle orta Bizans döneminde ( 8 – 11. yy ) ilimizde önemli mimari yapıların yapıldığı buluntulardan anlaşılmaktadır. Yeri kesin belirlenememiş olmakla birlikte Bizanslıların son savaşlarından olan ve Türklerle Miryekefalon Meydan Savaşı da ilimizde olmuştur ( 11766 yılı II. Kılıçaslan ile Manuel Kommuen arasında)

Osmanlı Dönemi (1428-1923): 1299 da beylik kuran Osmanoğulları çevresine egemen olmaya başlamış, hatta Trakya’yı da alarak Bizans imparatorluğu’nu Konstanstinapol sınırları içerisine hapsetmiştir. Bu sıralarda Karahisar-ı Devleyi Yıldırım Bayezid 1392 yılında almış ise de 1402 Ankara savaşından sonra Timur’un Anadolu’ya egemen olmasıyla bu bölgeyi Germiyanoğlu II. Yakup ele geçirilmiştir. II. Yakup’un ölüm anındaki vasiyetiyle beylik Osmanlı beyliğine katılmıştır(1428) Osmanlı beyliği artık devlet ve imparatorluk olmaya başlamıştır. Bu yükselme döneminin ilk yıllarında Karahisar’da da eğitim ve kültür yapıları çoğalmaya başlamış bunun sonucu olarak da önemli kişiler yetişmeye başlamıştır. Karahisar’la birlikte Bolvadin, Şuhut ve sandıklı kadılık merkezi olmuş, kent için imarlar yapılmaya başlamıştır. Bunlardan bir kaçı fatih’in vezirlerinden gedik Ahmet tarafından yapılan imaret camisi, hamamı ve medresesiyle imaret külliyesi, Sinan paşa’nın yaptırdığı cami, okul ve imareti bulunan külliye ile Bolvadin’deki yalnızca hamam kalan Rüstem paşa külliyesi günümüze kadar kalmış eserlerdir. Beş yüzyılı aşan Osmanlı egemenliğinde afyon, Anadolu beylerbeyliğinin bir sancağı olmuştur. 1917 yılına kadar Bursa’ya bağlı sancak olarak kalmış, I. Dünya savaşı sonlarına doğru bağımsız mutasarrıflık olmuştur.

Kurtuluş savaşında da afyonun önemi büyüktür. Zira I. Dünya Savaşı’nın ardından bütün Anadolu gibi Afyon da işgale uğramış ancak yunan ordusunun ilerleyebildiği son nokta olmuştur. 26 Ağustos 1922 günü saat 5:30’da top atışlarıyla başlayan Büyük Taarruz hem Afyon’un hem de bütün Türkiye’nin kurtuluşu için bir başlangıç olmuştur.